1、概念不同。新媒体是相对传统媒体衍生出的概念。传统媒体，指的是报纸、杂志、电视，广播等等，区别于这些媒体的就称之为“新媒体”。比如，门户网站（网易新浪腾讯搜狐），新闻客户端（今日头条），视频网站(优酷乐视土豆)，微信，网红直播平台，信息交易平台等等。自媒体，通常为个人或者小的团队开通的媒体号，依托于微信、微博、头条号、UC号、大鱼号、企鹅号等等。比如咪蒙和派酱。
2、运营角度不同。新媒体一般用来打造企业品牌形象，靠企业的官网、公众号进行延伸拓展，一般对应是订阅者和用户。而自媒体用于打造个人品牌形象，通过各种号进行传播，对应的是粉丝。
3、来源不同。门户网站，大型信息平台，视频网站，小说平台，内容来源各不同。有些是平台自己制造，有些是由会员管理产生。而自媒体都是基本有运营者提供。